Όπως ρητά αναφέρεται στις Ελεγκτικές Οδηγίες που έχουν εκδοθεί από τον Γενικό Ελεγκτή, οι έλεγχοι της Ελεγκτικής Υπηρεσίας διεξάγονται σύμφωνα με το Πλαίσιο Επαγγελματικών Διακηρύξεων του Διεθνούς Οργανισμού Ανώτατων Ελεγκτικών Ιδρυμάτων (IFPP), ενώ υιοθετεί επίσης τα Διεθνή Πρότυπα Αναθέσεων Επισκόπησης (ΔΠΑΕ – ISRE) και τα Διεθνή Πρότυπα Αναθέσεων Διασφάλισης (ΔΠΑΔ – ISAE), που εκδίδονται από τη Διεθνή Ομοσπονδία Λογιστών (IFAC), για τις εργασίες της που εμπίπτουν στο πλαίσιο αυτών των προτύπων. Η Ελεγκτική Υπηρεσία διενεργεί οικονομικούς, κανονιστικούς και διαχειριστικούς ελέγχους, όπως ορίζονται στο Πρότυπο ISSAI 100 («Θεμελιώδεις Αρχές Ελέγχου στον Δημόσιο Τομέα»), καθώς επίσης και τεχνικούς ελέγχους, βάσει του προτύπου ISSAI 5520 («Κατευθυντήριες γραμμές για τις βέλτιστες πρακτικές για τον έλεγχο της δημόσιας/ιδιωτικής χρηματοδότησης και των συμβάσεων παραχώρησης») και περιβαλλοντικούς ελέγχους βάσει των προτύπων ISSAI 5110 («Κατευθυντήριες γραμμές για τη διενέργεια ελέγχων δραστηριοτήτων με περιβαλλοντική προοπτική») και ISSAI 5120 («Περιβαλλοντικός έλεγχος στο πλαίσιο οικονομικών ελέγχων και ελέγχων συμμόρφωσης»).

• Οικονομικός έλεγχος:Ο οικονομικός έλεγχος αφορά στον έλεγχο των κρατικών λογαριασμών, καθώς και τον έλεγχο των οικονομικών καταστάσεων των Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου και άλλων Οργανισμών, Ειδικών Ταμείων και των Αρχών Τοπικής Αυτοδιοίκησης και αποσκοπεί στην έκφραση γνώμης αναφορικά τον βαθμό στον οποίο αυτές παρουσιάζουν αληθινή και δίκαιη εικόνα.
• Κανονιστικός έλεγχος ή έλεγχος συμμόρφωσης:Ο έλεγχος συμμόρφωσης μπορεί να διεξαχθεί ως ξεχωριστός έλεγχος ή ως μέρος ενός οικονομικού ή/και ενός διαχειριστικού ελέγχου. Οι έλεγχοι αυτοί αποσκοπούν στην αξιολόγηση του κατά πόσο οι ενέργειες του ελεγχόμενου συνάδουν με τις αρχές ή κανόνες που τον διέπουν. Οι αρχές και οι κανόνες αυτοί μπορεί να αφορούν στη συμμόρφωση με διατάξεις της νομοθεσίας, Κανονισμών ή συμφωνιών ή με τις γενικές αρχές χρηστής χρηματοοικονομικής διαχείρισης και συμπεριφοράς δημοσίων αξιωματούχων, σε σχέση με τις γενικές αρχές διοικητικού δικαίου. Ο έλεγχος συμμόρφωσης διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στη διασφάλιση ότι πληρούνται οι αρχές της διαφάνειας, λογοδοσίας και καλής διακυβέρνησης.
• Διαχειριστικός έλεγχος:Ο διαχειριστικός έλεγχος αφορά στην ανεξάρτητη εξέταση ενός προγράμματος, δραστηριότητας, λειτουργίας ή των συστημάτων διαχείρισης και διαδικασιών των ελεγχόμενων οργανισμών, με σκοπό την αξιολόγηση κατά πόσο η διαχείριση των πόρων τους γίνεται με τον πιο οικονομικό, αποδοτικό και αποτελεσματικό τρόπο.
• Τεχνικός έλεγχος:Ο τεχνικός έλεγχος αποσκοπεί στο να εξακριβωθεί κατά πόσο η εκτέλεση των δημοσίων συμβάσεων γίνεται αφενός, σύμφωνα με τους όρους/προδιαγραφές της σύμβασης, το χρονοδιάγραμμα υλοποίησης, καθώς και τον Προϋπολογισμό τους και αφετέρου, κατά τον πιο οικονομικό, αποδοτικό και αποτελεσματικό τρόπο και ότι τα έργα προγραμματίστηκαν, σχεδιάστηκαν και εκτελέστηκαν ικανοποιητικά. Ο έλεγχος αυτός περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, την εξέταση των οικονομοτεχνικών μελετών σκοπιμότητας, των τεχνικών προδιαγραφών και σχεδίων, των όρων των προσφορών, των όρων των συμβολαίων, των διαδικασιών για ζήτηση, αξιολόγηση και κατακύρωση των προσφορών, καθώς και της διαδικασίας τροποποιήσεων/αλλαγών στις συμβάσεις.
• Περιβαλλοντικός έλεγχος:Ο περιβαλλοντικός έλεγχος αποτελεί συνήθως συνδυασμό οικονομικού ελέγχου, ελέγχου συμμόρφωσης και διαχειριστικού ελέγχου, αναφορικά με ένα συγκεκριμένο θέμα που σχετίζεται με την περιβαλλοντική διακυβέρνηση.